La biblioteca dell'Istituto nasce contemporaneamente all'istituzione dell'Archivio il 31 luglio 1854. Il 25 maggio 1943, quando la sede dell'Archivio fu danneggiata durante un incursione aerea, anche il materiale librario, ubicato nei medesimi locali, fu distrutto o disperso e non è rimasto nulla di questo nucleo primario.
Trattasi di una biblioteca specializzata costituita soprattutto da una sezione di supporto allo studio archivistico e da opere relative alla storia di Messina e della sua provincia.
Un nucleo di 1230 volumi proviene da una biblioteca privata, "Puzzolo Sigillo", acquistata per l'Archivio, intorno al 1962, dal Ministero dell'Interno. Il fondo librario è a carattere prevalentemente giuridico ma contiene anche opere pregevoli, antiche e rare, a partire dal 1500, riguardanti la storia della Sicilia.
Sono presenti, inoltre, tre sezioni pertinenti la storiografia e altre sezioni di opere a carattere generale, di scienze economiche-politiche-sociali, di letteratura e di dizionari ed enciclopedie.
La sezione periodici è ubicata nella sede distaccata dell'Archivio, contiene alcune delle principali riviste di storia siciliana e messinese.
Il patrimonio librario si arricchisce di opere inviate dal Ministero della Cultura, con omaggi di enti e autori e con l'acquisto diretto da parte dell'Istituto che verte, soprattutto, su opere riguardanti la storia locale.
La biblioteca è aperta al pubblico tutto l'anno tranne due settimane nel periodo di agosto, allo scopo di effettuare interventi di revisione e riordinamento. La consultazione avviene nella Sala di Studio ed è, di regola, riservata solo agli studiosi che effettuano ricerche di archivio. Tuttavia, anche in considerazione della difficile situazione delle biblioteche della città, la sua consultazione è consentita a tutti coloro che ne fanno richiesta.
Essendo essa una biblioteca annessa alla Sala di studio, non è consentito il prestito.
